ドラフト会議
　２０１６年１０月２０日にドラフト会議が行われ、未来のスターを各球団が指名した。今年は人材豊富な年との評判の中、創価大の田中投手に５チームの競合指名があり、抽選の結果ソフトバンクが獲得権利を得た。また外れ１位に佐々木投手にも５チームが競合しロッテが獲得権利を得た。１位指名は巨人、阪神以外は投手の指名となった。

チーム
１位
２位
３位
４位
５位
巨　人
 吉川　尚輝
（内・中京学院大）		 畠　世周
（投・近畿大）		 谷岡　竜平
（投・東芝）		 池田　駿
（投・ヤマハ）		 高田　萌生
（投・創志学園高）
ヤクルト
 寺島　成輝
（投・履正社高）		 星　知弥
（投・明治大）		 梅野　雄吾
（投・九州大九産高）		 中尾　輝
（投・名古屋経済大）		 古賀　優大
（捕・明徳義塾高）
阪　神
 大山　悠輔
（内・白鵬大）		 小野　泰己
（投・富士大）		 才木　浩人
（投・須磨翔風高）		 濱地　真澄
（投・福岡大大濠高）		 糸原　健斗
（内・JX-ENEOS）
広　島
 加藤　拓也
（投・慶応大）		 高橋　昂也
（投・花咲徳栄高）		 床田　寛樹
（投・中部学院大）		 坂倉　勝吾
（捕・日大三高）		 アドゥワ　誠
（投・松山聖陵高）
中　日
 柳　裕也
（投・明治大）		 京田　陽太
（内・日本大）		 石垣　雅海
（内・酒田南高）		 笠原　祥太郎
（投・新潟医療福祉大）		 藤嶋　健人
（投・東邦高）
横　浜
 浜口　遥大
（投・神奈川大）		 水野　滉成
（投・東海大）		 松尾　大河
（内・秀学館）		 京山　将弥
（投・近江高）		 細川　成也
（投・明秀日立高）
ソフトバンク
 田中　正義
（投・創価大）		 古谷　優人
（投・江陵高）		 久鬼　隆平
（捕・秀学館）		 三森　大貴
（内・青森山田高）		 ー
日ハム
 堀　瑞輝
（投・広島新庄高）		 石井　一成
（内・早稲田大）		 高良　一輝
（投・九州産業大）		 森山　恵佑
（外・専修大）		 高山　優希
（投・大阪桐蔭高）
ロッテ
 佐々木　千隼
（投・桜美林大）		 酒居　知史
（投・大阪ガス）		 島　孝明
（投・東海大市原望洋高）		 土肥　星也
（投・大阪ガス）		 有吉　優樹
（投・九州三菱自動車）
西　武
 今井　達也
（投・作新学院高）		 中塚　駿太
（投・白鵬大）		 源田　壮亮
（内・トヨタ）		 鈴木　将平
（外・静岡高）		 平井　克典
（投・Honda鈴鹿）
オリックス
 山岡　泰輔
（投・東京ガス）		 黒木　優太
（投・立正大）		 岡崎　大輔
（内・花咲徳栄高）		 山本　由伸
（投・都城高）		 小林　慶佑
（投・日本生命）
楽　天
 藤平　尚真
（投・横浜高）		 池田　隆英
（投・創価大）		 田中　和基
（外・立教大）		 菅原　秀
（投・大阪体育大）		 森原　康平
（投・新日鉄住金広畑）

なお、ジャイアンツが指名した６位以下と育成選手指名は以下の通り。
　６位：大江竜聖（投・二松学舎高）、７位：廖 任磊（投・岡山共生高卒）
　育成指名　１位：髙井 俊（投・新潟アルビレックスBC）、２位：加藤 脩平（外・磐田東高）、
　　　　　　　　３位：山川 和大（投・兵庫ブルーサンダーズ）、４位：坂本 工宜（投・関西学院大学準硬式野球部）
　　　　　　　　５位：松原 聖弥（外・明星大）、６位：高山 竜太朗（捕・九州産業大）、７位：堀岡 隼人（投・青森山田高）、
　　　　　　　　８位：松澤 裕介（外・香川オリーブガイナーズ）